Anleitung zur Rote-Liste-App der NW-FVA

Eigene Daten vorbereiten und verarbeiten

Daten aus einer Arterfassung müssen als CSV-Datei in Tabellenform vorliegen, wobei eine Spalte scientificName (alternativ scientific_name oder rlapp_scientific_name) den wissenschaftlichen Artnamen (Beispiel Achillea millefolium agg.) enthält.

Die App fügt automatisiert Spalten hinzu, die z. B. die Rote-Liste-Kategorie der jeweiligen Arten enthalten. Zuvor muss die gewünschte Zusatzinformation ausgewählt werden (bspw. Rote Liste Bund oder Waldbindung).

Durch Klicken von "Choose File" und Auswahl einer CSV-Datei im eigenen lokalen Dateiverzeichnis, wird diese an die Rote-Liste-App geschickt.

Harmonisierung der Artnamen

Eine zentrale Funktionalität von rlapp ist der taxonomische Abgleich der eingegebenen Artbezeichner mit der Datenbank der [Global Biodiversity Information Facility (GBIF) | https://www.gbif.org]. Dabei werden nicht nur einzelne Bestandteile eines Artnamens wie "subsp." (Subspecies), "var" (Varietät) oder die Namen von Erstbeschreibenden erkannt, sondern es können auch Tippfehler mithilfe der GBIF-Datenbank korrigiert werden.

Beim automatischen Abgleich des Artnamens können Probleme auftreten, siehe auch nächster Abschnitt. In diesem Fall kann man einen Check auf der externen Website von GBIF durchführen lassen, um die eigene Artenliste auf taxonomische Probleme hin zu überprüfen, bevor sie an rlapp gegeben wird: https://www.gbif.org/tools/species-lookup

Output der Rote-Liste-App

Nach der Verarbeitung der Eingabe stellt rlapp die Ausgabe in Form einer CSV-Datei zur Verfügung, die direkt lokal abgespeichert werden kann. Die Eingabetabelle wird bei der Verarbeitung um verschiedene Spalten ergänzt:

  •  rlapp_aggregate_species
  •  rlapp_sensu_lato
  •  rlapp_sensu_stricto

Diese drei Spalten geben zunächst an, ob es sich bei dem Taxon der jeweiligen Zeile um eine Aggregatart ("agg.") oder eine Art im weiteren ("s. l.") oder engeren Sinn ("s. str.") handelt.

  •  rlapp_gbif_scientific_name
  •  rlapp_gbif_species_key
  •  rlapp_gbif_rank
  •  rlapp_gbif_status
  •  rlapp_gbif_confidence
  •  rlapp_gbif_match_type

Diese sechs Spalten enthalten Feedback von GBIF zum jeweiligen Taxon. Hier werden der wissenschaftliche Name, ein eindeutiger Schlüssel sowie weitere Informationen gelistet. Der Konfidenzwert ("rlapp_gbif_confidence", in Prozent) macht eine Aussage über die Güte der Übereinstimmung (des Matchs). Ein hoher Wert entspricht einem hohen Match und umgekehrt. Andere Match-Typen als EXACT (in der Spalte "rlapp_gbif_match_type") können ein Hinweis auf Probleme mit der Taxonomie sein.

  •  rlapp_kingdom
  •  rlapp_scientific_name
  •  rlapp_german_name
  •  rlapp_category_de
  •  rlapp_redlist_name
  •  ...

Die letzen Spalten kommen aus der ausgewählten Roten Liste bzw. Zusatzinformationsliste. Hier ist insbesondere die Spalte rlapp_category_... interessant, die die Rote-Liste-Kategorie der jeweiligen Art enthält.

Download der Roten Listen

Die Gesamtlisten (Rote Liste Bund/Hessen/Niedersachsen/Sachsen-Anhalt/Schleswig-Holstein sowie die o. g. Zusatzinformationen) inklusive taxonomischer Harmonisierung per GBIF, also versehen mit Species Key und weiteren Match-relevanten Informationen, stehen unter Downloads unter einer offenen Lizenz für eigene Auswertungen zur Verfügung.

Bemerkungen

Die Input-CSV-Tabelle kann mit einer Spalte kingdom mit den möglichen Werten "Plantae", "Animalia", "Fungi" versehen werden. Sie kann helfen, seltene Mehrdeutigkeiten bei Artnamen aufzulösen.

Weitere Unterstützung

Bei Fragen bezüglich der Rote-Liste-App wenden Sie sich bitte an: rlapp@nw-fva.de