Anleitung

Eigene Daten vorbereiten und verarbeiten

Wir gehen davon aus, dass Daten aus einer Arterfassung als CSV-Datei in Tabellenform vorliegen, wobei eine Spalte scientificName (alternativ scientific_name oder rlapp_scientific_name) den wissenschaftlichen Artnamen (Beispiel Achillea millefolium agg.) enthält.

Wir möchten nun automatisiert Spalten hinzufügen lassen, die uns Rote-Liste-Status und evtl. weitere Informationen über die jeweiligen Arten angeben. Dazu wählen wir eine gewünschte Zusatzinformation (bspw. Rote Listen Bund und Hessen sowie Waldbindung) auf der Startseite aus.

Im nächsten Schritt klicken wir "Choose File" und wählen die CSV-Datei in unserem lokalen Dateiverzeichnis aus, die dann an die Rote-Liste-App geschickt wird.

Harmonisierung der Artnamen

Eine zentrale Funktionalität von rlapp ist der taxonomische Abgleich unserer Artbezeichner mit der Datenbank von GBIF. Hierbei kommt ein fortgeschrittener Parser zum Einsatz, der nicht nur einzelne Bestandteile eines Artnamens wie subsp., var. oder die Namen von Erstbeschreibenden erkennt, sondern auch Tippfehler mithilfe der GBIF-Datenbank korrigieren kann.

Beim automatischen Artenabgleich können Probleme auftreten, siehe auch den nächsten Abschnitt. In diesem Fall kann man einen Check auf der externen Website von GBIF durchführen zu lassen, um die eigene Artenliste auf taxonomische Probleme hin zu überprüfen, bevor sie an rlapp gegeben wird: https://www.gbif.org/tools/species-lookup

Output der Rote-Liste-App

Nach der Verarbeitung der Eingabe stellt rlapp die Ausgabe in Form einer CSV-Datei zur Verfügung, die direkt lokal abgespeichert werden kann. Die Eingabetabelle wird bei der Verarbeitung um verschiedene Spalten ergänzt:

  •  rlapp_aggregate_species
  •  rlapp_sensu_lato
  •  rlapp_sensu_stricto

Diese drei Spalten geben zunächst an, ob es sich bei dem Taxon der jeweiligen Zeile um eine Aggregatart ("agg.") oder eine Art im weiteren oder engeren Sinn ("s. l.", "s. str.") handelt.

  •  rlapp_gbif_scientific_name
  •  rlapp_gbif_species_key
  •  rlapp_gbif_rank
  •  rlapp_gbif_status
  •  rlapp_gbif_confidence
  •  rlapp_gbif_match_type

Diese Spalten enthalten Feedback von GBIF zum jeweiligen Taxon. Hier werden der wissenschaftliche Name, ein eindeutiger Schlüssel sowie weitere Informationen gelistet. Der Konfidenzwert (in Prozent) macht eine Aussage über die Güte des Matches. Andere Match-Typen als EXACT können ein Hinweis auf Probleme mit der Taxonomie sein.

  •  rlapp_kingdom
  •  rlapp_scientific_name
  •  rlapp_german_name
  •  rlapp_category_de
  •  rlapp_redlist_name
  •  ...

Die letzen Spalten kommen aus den ausgewählten Roten Listen und weiteren Infolisten. Hier sind insbesondere die Spalten rlapp_category_... interessant, die z. B. den Rote-Liste-Status der jeweiligen Art enthalten.

Download der Roten Listen

Die Gesamtlisten (Rote Listen Bund/Trägerländer sowie weitere Artinformationen) inklusive taxonomischer Harmonisierung per GBIF, also versehen mit Species Key und weiteren Match-relevaten Informationen, stehen unter Downloads unter einer offenen Lizenz für eigene Auswertungen zur Verfügung.

Bemerkungen

Die Input-CSV-Tabelle kann mit einer Spalte kingdom mit den möglichen Werten "Plantae", "Animalia", "Fungi" versehen werden. Sie kann bei mehrdeutigen Artnamen helfen, seltene Ambiguitäten aufzulösen.

Weitere Unterstützung

Hilfestellung bei aufkommenden Fragen bezüglich der Rote-Liste-App gibt es unter rlapp@nw-fva.de